Celem Akatsuki jest dominacja nad światem. Aby to osiągnąć Pain opracował plan, składający się z trzech etapów:

   1. Zebranie funduszy potrzebnych na utrzymanie organizacji.
   2. Schwytanie wszystkich ogoniastych demonów. Wykorzystanie zdobytych pieniędzy i utworzenie pierwszej w świecie shinobi „Najemnej Organizacji Wojennej” niezależnej od żadnego z państw. Początkowo oferta byłaby kierowana głównie do mniejszych państw, które z powodów finansowych mają problemy z utrzymaniem własnych armii. Stopniowe wyeliminowanie konkurencji i uzyskanie monopolu na rynku wojennym. Wykorzystanie schwytanych bijū do tworzenia nowych konfliktów, co ma na celu utrzymanie płynności finansowej. Tak przynajmniej utrzymywał Pain dopóki nie rozpoczął walki z Jirayą, wtedy wyjawił mu prawdę. Celem Akatsuki jest schwytanie wszystkich bijū, i utworzenie z nich niezwykle potężnego jutsu, którym można zniszczyć małe państwo, dzięki czemu Akatsuki zarobi sprzedając to jutsu innym krajom i będzie wchodzić z nimi w układy, następnie ich eliminując, dzięki czemu uda im się osiągnąć swój główny cel.
   3. Uzyskać władzę nad światem w wyniku powyższych działań.

W rzeczywistości ten plan to przykrywka, ponieważ w mniemaniu Madary,Akatsuki ma inny cel. Madara Uchiha chce zgromadzić wszystkie bijū, aby połączyć je w Dziesięcioogoniastego, którego następnie chce zapieczętować w sobie. Wtedy miałby wystarczająco dużo mocy, by swoim sharinganem stworzyć wielkie Tsukuyomi na powierzchni księżyca, dzięki któremu mógłby złapać każdego człowieka na świecie w Genjutsu, czego wynikiem byłaby kontrola wszystkich ludzi. Madara chce przez to stworzyć nowy świat bez wojen.